ID   RDRP_BIRNA; MATRIX.
AC   PS50526;
DT   JUL-2002 (CREATED); JUL-2002 (DATA UPDATE); JUL-2002 (INFO UPDATE).
DE   Profile for RNA-directed RNA polymerase of Birnaviridae.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=115;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=110;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0443; R2=0.01298481; TEXT='-LogE';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=3000; N_SCORE=41.0; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=497; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-8;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='M'; M=-13,-20,-23,-27,-20,10,-23,7,13,-10,13,39,-20,-23,-3,-10,-20,-10,3,-3,28,-13;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20,30,-30,20,0,-10,0,0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10,30,80,-20;
MA   /M: SY='Y'; M=-15,-23,-25,-23,-17,13,-28,-2,5,-13,20,8,-22,-28,-12,-3,-23,-10,-2,-1,29,-17;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-24,-34,-24,6,-34,-24,31,-30,39,20,-26,-26,-20,-24,-26,-10,18,-20,0,-24;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-11,-14,-18,-14,-2,-24,-20,1,-18,13,1,-11,-18,-14,-14,1,27,4,-26,-6,-14;
MA   /M: SY='R'; M=-12,-6,-22,-10,-4,-16,-20,-8,-22,15,-16,-10,0,-16,2,40,1,13,-12,-24,-10,-4;
MA   /M: SY='G'; M=-9,-7,-30,-5,0,-26,22,-9,-35,3,-25,-16,0,-17,-3,17,-4,-15,-26,-22,-21,-3;
MA   /M: SY='W'; M=-12,-29,-42,-29,-26,-5,14,-26,-28,-20,-24,-20,-25,-26,-20,-20,-25,-26,-30,86,7,-20;
MA   /M: SY='W'; M=-8,-15,-25,-21,-18,-2,-20,-24,-14,-14,-14,-14,-15,-18,-14,-14,-3,20,-11,38,5,-14;
MA   /M: SY='S'; M=3,14,-13,7,0,-20,0,-3,-20,-7,-30,-20,27,-13,0,-7,30,13,-17,-40,-20,0;
MA   /M: SY='D'; M=-14,22,-30,34,31,-34,-16,-3,-34,17,-27,-21,8,-7,10,4,-3,-10,-27,-31,-17,20;
MA   /M: SY='B'; M=-13,33,-26,32,12,-32,-9,7,-27,3,-27,-18,30,-14,16,-1,4,-6,-30,-35,-17,14;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='D'; M=-4,19,-18,24,5,-25,-9,-9,-25,-6,-25,-21,11,-10,-3,-10,19,17,-15,-37,-17,1;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20,90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
MA   /M: SY='M'; M=-13,-19,-26,-26,-16,-7,-25,-8,11,-1,6,25,-13,-20,-2,13,-17,-10,5,-20,-3,-12;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-24,-26,-28,-24,49,-30,5,0,-18,4,0,-20,-30,-21,-14,-20,-10,-6,22,61,-24;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='P'; M=-13,-12,-33,-9,2,-18,-23,2,-15,-2,-18,-7,-12,20,17,-6,-9,-10,-25,-10,7,6;
MA   /M: SY='T'; M=0,0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,0,-10,-10,-10,20,50,0,-30,-10,-10;
MA   /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30,10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150,30,-20;
MA   /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10;
MA   /M: SY='T'; M=-5,-5,-15,-12,-12,0,-21,-8,-8,-10,-9,-8,-5,-15,-9,-10,11,32,-3,-14,14,-12;
MA   /M: SY='F'; M=-17,-30,-20,-37,-27,61,-30,-20,5,-30,21,5,-23,-30,-35,-20,-23,-10,3,2,22,-27;
MA   /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10;
MA   /M: SY='M'; M=-10,-23,-20,-30,-20,3,-23,-5,20,-15,28,49,-23,-23,-5,-13,-23,-10,10,-20,0,-13;
MA   /M: SY='N'; M=-14,15,-24,3,-8,1,-13,14,-12,-4,-17,-12,26,-24,-4,-4,-3,-4,-22,-10,22,-8;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-23,-22,-27,-26,-9,-6,-27,15,-23,1,4,-17,-23,-23,-23,-9,-6,19,-24,-12,-26;
MA   /M: SY='A'; M=26,-15,-18,-24,-17,-16,0,-23,2,-17,-5,-3,-11,-14,-14,-23,0,-6,4,-20,-16,-17;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20,90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
MA   /M: SY='A'; M=17,-9,-15,-13,-9,-6,-8,-6,-11,-10,-14,-11,-6,-15,-7,-14,12,4,-6,-13,7,-9;
MA   /M: SY='M'; M=-10,-24,-20,-30,-20,4,-24,-8,20,-18,31,45,-24,-24,-8,-14,-24,-10,10,-20,0,-14;
MA   /M: SY='V'; M=0,-22,-10,-25,-25,-3,-27,-27,19,-17,5,5,-22,-25,-25,-17,-2,14,36,-30,-10,-25;
MA   /M: SY='V'; M=0,-30,-10,-30,-30,0,-30,-30,30,-20,10,10,-30,-30,-30,-20,-10,0,50,-30,-10,-30;
MA   /M: SY='D'; M=-20,50,-30,70,20,-40,-10,0,-40,0,-30,-30,20,-10,0,-10,0,-10,-30,-40,-20,10;
MA   /M: SY='S'; M=10,0,-10,0,0,-20,0,-10,-20,-10,-30,-20,10,-10,0,-10,40,20,-10,-40,-20,0;
MA   /M: SY='S'; M=3,-8,-15,-13,-10,-13,-15,-17,1,-15,-12,-7,0,-13,-7,-15,20,18,3,-33,-13,-10;
MA   /M: SY='C'; M=-5,-15,85,-22,-22,-20,-22,-25,-27,-25,-23,-20,-12,-32,-22,-25,4,-2,-10,-47,-27,-22;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-30,-17,-30,-23,7,-30,-23,23,-27,39,17,-30,-30,-23,-20,-25,-7,21,-23,-3,-23;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-24,-34,-24,6,-34,-24,31,-30,39,20,-26,-26,-20,-24,-26,-10,18,-20,0,-24;
MA   /M: SY='M'; M=-10,-15,-23,-22,-12,-8,-20,-3,6,6,6,41,-15,-17,3,1,-17,-10,2,-20,-3,-5;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='L'; M=-13,-30,-20,-33,-23,29,-30,-20,15,-30,39,15,-27,-30,-25,-20,-27,-10,7,-12,8,-23;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,0,-30,0,20,-40,-20,10,-20,10,-20,0,0,-10,60,10,0,-10,-30,-20,-10,40;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-27,-37,-27,3,-37,-27,40,-30,30,20,-23,-23,-20,-27,-23,-10,23,-20,0,-27;
MA   /M: SY='K'; M=-10,0,-30,0,10,-30,-20,-10,-30,50,-30,-10,0,-10,10,30,-10,-10,-20,-20,-10,10;
MA   /M: SY='T'; M=-2,11,-13,-1,-7,-13,-13,-11,-13,-7,-17,-13,17,-13,-7,-7,19,34,-9,-33,-13,-7;
MA   /M: SY='Y'; M=-14,-17,-30,-16,-13,8,-26,3,-7,-10,-10,-7,-17,6,-10,-13,-11,-1,-14,5,37,-16;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,0,-30,0,20,-40,-20,10,-20,10,-20,0,0,-10,60,10,0,-10,-30,-20,-10,40;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='S'; M=9,-1,-11,-2,-1,-19,-1,-9,-17,-10,-26,-14,8,-11,0,-10,36,18,-9,-39,-19,-1;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='A'; M=34,-13,-18,-17,-7,-23,-5,-20,-13,-10,-15,-13,-13,17,-10,-20,5,-3,-8,-23,-23,-10;
MA   /M: SY='W'; M=7,-25,-24,-32,-22,23,-16,-23,-9,-20,-6,-9,-22,-22,-23,-20,-14,-12,-8,37,11,-20;
MA   /M: SY='T'; M=0,0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,0,-10,-10,-10,20,50,0,-30,-10,-10;
MA   /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30,80,-30,-20,0,-30,10,0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,0,10,30,-30;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-24,-34,-24,6,-34,-24,31,-30,39,20,-26,-26,-20,-24,-26,-10,18,-20,0,-24;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='H'; M=-20,0,-30,0,0,-20,-20,100,-30,-10,-20,0,10,-20,10,0,-10,-20,-30,-30,20,0;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-30,-17,-30,-23,7,-30,-23,23,-27,39,17,-30,-30,-23,-20,-25,-7,21,-23,-3,-23;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-27,-20,-30,-20,7,-27,-13,20,-23,40,34,-27,-27,-13,-17,-27,-10,10,-20,0,-17;
MA   /M: SY='S'; M=7,0,-11,-3,-4,-18,-2,-13,-18,-10,-25,-17,7,-10,-4,-10,33,26,-8,-36,-18,-4;
MA   /M: SY='T'; M=0,0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,0,-10,-10,-10,20,50,0,-30,-10,-10;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-26,-36,-26,4,-36,-26,39,-30,31,20,-24,-24,-20,-26,-24,-10,22,-20,0,-26;
MA   /M: SY='V'; M=0,-29,-13,-29,-26,2,-28,-27,25,-22,20,12,-29,-29,-26,-20,-14,-3,36,-27,-8,-26;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-27,-17,-30,-23,4,-27,-18,23,-21,28,27,-27,-27,-18,-17,-20,-7,24,-23,-3,-21;
MA   /M: SY='B'; M=7,26,-20,25,4,-28,-4,-4,-24,-3,-23,-20,20,-13,-3,-11,6,-4,-20,-33,-20,0;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,3,-30,7,31,-34,-20,1,-26,21,-23,-10,0,-7,32,12,-3,-10,-27,-23,-13,32;
MA   /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30,10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150,30,-20;
MA   /M: SY='N'; M=-4,9,-17,2,-6,-16,-9,10,-12,-8,-21,-11,21,-19,-4,-7,11,2,-9,-37,-12,-6;
MA   /M: SY='E'; M=-10,-9,-26,-6,12,-15,-24,-11,-11,9,3,-1,-11,-15,1,3,-15,-10,-11,-23,-9,7;
MA   /M: SY='M'; M=11,-19,-19,-29,-19,-7,-18,-15,18,-15,10,25,-17,-17,-9,-19,-10,-7,12,-20,-7,-15;
MA   /M: SY='G'; M=-6,-8,-30,-8,-10,-28,36,-14,-36,3,-28,-16,0,-18,-9,6,-4,-16,-26,-20,-22,-10;
MA   /M: SY='K'; M=-12,-2,-30,-2,12,-32,-20,-1,-26,32,-25,-6,0,-12,29,28,-6,-10,-24,-20,-10,20;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20,90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
MA   /M: SY='N'; M=-9,15,-23,7,5,-25,-9,6,-22,7,-25,-13,26,-16,18,14,7,-2,-26,-31,-15,11;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20,90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
MA   /M: SY='D'; M=-8,12,-21,16,1,-21,-11,-3,-14,-6,-13,4,3,-13,0,-10,4,-2,-11,-33,-13,0;
MA   /M: SY='S'; M=3,-5,-18,-5,-2,-21,-9,-15,-18,-10,-26,-18,0,17,-5,-13,22,18,-13,-35,-21,-5;
MA   /M: SY='D'; M=-13,20,-30,30,29,-33,-17,-3,-33,21,-27,-20,7,-7,10,7,-3,-10,-27,-30,-17,19;
MA   /M: SY='E'; M=-6,-3,-25,3,26,-22,-12,-10,-15,-2,-13,-12,-8,-10,2,-8,-3,-8,-8,-29,-18,14;
MA   /M: SY='F'; M=-17,-30,-23,-40,-30,58,-33,-23,14,-30,13,5,-20,-27,-35,-23,-20,-10,8,2,22,-30;
MA   /M: SY='K'; M=-10,-4,-27,-5,13,-20,-20,-4,-13,18,-10,12,-7,-11,9,8,-11,-10,-12,-23,-9,11;
MA   /M: SY='D'; M=-6,17,-22,24,10,-30,-9,-7,-30,10,-30,-21,11,-10,3,1,12,1,-20,-35,-17,6;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-24,-34,-24,6,-34,-24,31,-30,39,20,-26,-26,-20,-24,-26,-10,18,-20,0,-24;
MA   /M: SY='E'; M=6,5,-25,9,41,-27,-15,-5,-25,5,-17,-17,-3,-3,12,-5,3,-7,-22,-27,-20,26;
MA   /M: SY='D'; M=1,19,-22,28,18,-30,-8,-6,-28,-2,-25,-22,9,-8,2,-10,12,0,-20,-35,-20,10;
MA   /M: SY='K'; M=-10,-5,-27,-8,2,-22,-20,-7,-16,34,-16,9,-5,-13,7,19,-13,-10,-12,-20,-7,5;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-11,-14,-18,-14,-2,-24,-20,1,-18,13,1,-11,-18,-14,-14,1,27,4,-26,-6,-14;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,0,-40,-30,50,-30,20,20,-20,-20,-20,-30,-20,-10,30,-20,0,-30;
MA   /M: SY='N'; M=-13,43,-23,34,5,-25,-3,7,-25,0,-30,-23,49,-17,0,-3,7,-3,-30,-40,-20,3;
MA   /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30,80,-30,-20,0,-30,10,0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,0,10,30,-30;
MA   /M: SY='K'; M=-10,0,-30,0,10,-30,-20,-10,-30,50,-30,-10,0,-10,10,30,-10,-10,-20,-20,-10,10;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-30,-25,-37,-30,0,-37,-30,45,-27,17,17,-23,-23,-23,-27,-17,-7,35,-23,-3,-30;
MA   /M: SY='E'; M=-10,10,-30,20,60,-30,-20,0,-30,10,-20,-20,0,0,20,0,0,-10,-30,-30,-20,40;
MA   /M: SY='R'; M=-17,-15,-27,-15,-5,-12,-23,-5,-16,14,-1,-2,-8,-23,2,46,-15,-10,-12,-20,-7,-5;
MA   /M: SY='E'; M=0,-5,-17,-1,13,-18,-15,-12,-10,-6,-16,-12,-4,-12,-1,-9,12,4,-1,-34,-17,6;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-30,-21,-34,-27,3,-34,-27,34,-27,28,17,-26,-26,-23,-24,-21,-7,28,-23,-3,-27;
MA   /M: SY='D'; M=-11,19,-25,24,8,-28,-16,-9,-28,15,-25,-18,8,-10,1,4,2,6,-18,-30,-14,5;
MA   /M: SY='D'; M=-15,45,-25,46,11,-31,-5,5,-31,0,-30,-25,39,-15,0,-5,5,-5,-30,-40,-20,5;
MA   /M: SY='L'; M=-13,-30,-24,-37,-27,25,-34,-24,26,-30,28,15,-23,-26,-25,-24,-23,-10,15,-12,8,-27;
MA   /M: SY='R'; M=-19,-9,-30,-9,1,-21,-20,-1,-30,32,-21,-10,0,-19,10,65,-10,-10,-20,-20,-10,1;
MA   /M: SY='E'; M=-3,1,-27,6,21,-28,17,-9,-32,-4,-25,-20,2,-9,2,-9,6,-9,-27,-28,-24,11;
MA   /M: SY='K'; M=-8,-5,-26,-8,0,-21,-23,-15,-14,26,-18,-5,-3,-12,1,13,-6,2,-8,-22,-8,0;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-33,-23,7,-33,-23,30,-30,40,20,-27,-27,-20,-23,-27,-10,17,-20,0,-23;
MA   /M: SY='M'; M=-13,-21,-27,-26,-17,-8,-29,-14,13,-3,4,14,-13,-21,-6,12,-15,-9,10,-21,-5,-16;
MA   /M: SY='Q'; M=6,1,-25,2,26,-31,-15,-2,-21,5,-17,-10,-3,-7,27,-2,3,-7,-22,-23,-16,26;
MA   /M: SY='A'; M=27,-18,-14,-24,-14,-9,-11,-20,1,-18,13,1,-18,-18,-14,-20,-5,-4,4,-20,-12,-14;
MA   /M: SY='V'; M=3,-22,-10,-22,-22,-5,-22,-25,16,-17,-1,2,-19,-25,-22,-17,4,5,34,-33,-13,-22;
MA   /M: SY='P'; M=-14,-1,-33,7,14,-27,-19,-8,-26,5,-21,-17,-5,21,2,10,-7,-10,-25,-28,-20,5;
MA   /M: SY='H'; M=-9,-11,-19,-15,-11,-5,-24,13,-4,-18,10,4,-9,-20,-8,-11,-7,8,-4,-26,2,-11;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=40,10160;
NR   /TOTAL=4(4); /POSITIVE=4(4); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /TAXO-RANGE=????V;
CC   /STATUS=submitted;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=window20;
CC   /GENERATED_BY="pfmake blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=S_Spirin;
DR   P31817, RRPO_IBDV5, T; P12918, RRPO_IBDVA, T; P22173, RRPO_IPNVJ, T;
DR   P22174, RRPO_IPNVS, T;
DO   QDOC50520;
CC   Alignment not available
//