ID   RDRP_PHAGE; MATRIX.
AC   PS50522;
DT   JUN-2002 (CREATED); JUN-2002 (DATA UPDATE); JUN-2002 (INFO UPDATE).
DE   Profile for RNA-directed RNA polymerase of RNA-containing bacteriophages.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=117;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=112;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.6451; R2=0.01912686; TEXT='-LogE';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=384; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=201; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-9;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='T'; M=-10,-2,-25,-1,-7,-16,-23,-16,-3,-10,-6,-6,-6,-3,-10,-9,-4,5,-3,-28,-12,-10;
MA   /M: SY='N'; M=0,20,-21,11,0,-22,-5,0,-22,4,-23,-17,27,-17,0,9,5,-3,-21,-31,-18,-1;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,-1,-27,2,24,-30,-19,2,-18,4,-14,-5,-2,-10,36,2,1,-7,-24,-25,-13,30;
MA   /M: SY='D'; M=-15,19,-27,25,18,-29,-15,0,-28,8,-23,-18,11,-12,10,11,-1,-6,-24,-31,-16,13;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-18,-26,-19,-9,-8,-27,-15,1,4,11,6,-15,-21,-6,6,-20,-10,-1,-20,-5,-9;
MA   /M: SY='A'; M=16,-11,-21,-17,-4,-18,-16,-6,0,-11,-5,-2,-9,-12,0,-15,-1,-6,-1,-22,-10,-4;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-5,-28,-4,10,-17,-19,5,-22,13,-17,-9,-4,-15,10,20,-6,-9,-19,-15,2,8;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-1,-28,2,9,-24,-9,1,-24,9,-15,-9,-1,-14,7,10,-6,-11,-21,-25,-11,7;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-20,-23,-24,-24,-3,12,-21,-2,-21,-5,2,-13,-23,-22,-20,-9,-12,3,-18,-12,-23;
MA   /M: SY='S'; M=0,-9,-18,-10,-7,-9,-13,-9,-7,-8,-12,-8,-3,-16,-5,-9,13,7,-5,-25,-2,-7;
MA   /M: SY='E'; M=-11,-4,-20,-1,8,-20,-23,-10,-12,6,-11,-7,-7,-16,1,8,-8,-8,-6,-27,-13,3;
MA   /M: SY='W'; M=-15,-1,-31,3,-9,-4,-8,-10,-21,-13,-14,-15,-8,-21,-13,-15,-12,-11,-20,16,8,-10;
MA   /M: SY='G'; M=-7,6,-25,3,-5,-23,13,-8,-26,-1,-22,-15,13,-18,-6,0,2,-8,-22,-28,-19,-6;
MA   /M: SY='H'; M=-9,-3,-20,-8,-7,6,-15,12,-14,-14,-10,-7,7,-20,-9,-9,3,-2,-14,-24,2,-7;
MA   /M: SY='L'; M=1,-22,-6,-26,-19,5,-23,-12,4,-21,18,5,-22,-27,-17,-19,-17,-8,1,-12,10,-19;
MA   /M: SY='A'; M=19,-14,-17,-20,-8,-6,-8,-19,-3,-14,-5,-6,-12,-15,-14,-18,-1,-5,2,-19,-12,-11;
MA   /M: SY='T'; M=7,-10,-13,-18,-14,1,-18,-20,-5,-15,0,-5,-8,-15,-15,-15,7,25,1,-22,-6,-14;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-20,-23,-26,-23,-2,-20,-20,17,-20,4,5,-15,-21,-18,-20,-8,3,15,-17,3,-23;
MA   /M: SY='D'; M=-20,50,-30,70,20,-40,-10,0,-40,0,-30,-30,20,-10,0,-10,0,-10,-30,-40,-20,10;
MA   /M: SY='L'; M=0,-27,-15,-30,-23,9,-26,-23,17,-24,25,11,-26,-27,-24,-20,-17,-5,21,-20,-3,-23;
MA   /M: SY='S'; M=10,0,-10,0,0,-20,0,-10,-20,-10,-30,-20,10,-10,0,-10,40,20,-10,-40,-20,0;
MA   /M: SY='S'; M=11,11,-16,11,2,-24,-3,-8,-22,-5,-25,-19,11,-11,-2,-8,19,6,-14,-34,-20,0;
MA   /M: SY='A'; M=18,-12,-18,-18,-12,-1,-12,9,-12,-13,-8,-5,-8,-17,-10,-15,-2,-7,-7,-12,7,-12;
MA   /M: SY='D'; M=-4,23,-19,32,9,-29,-5,-5,-29,-5,-30,-25,15,-10,0,-10,22,6,-19,-40,-20,5;
MA   /M: SY='D'; M=-13,27,-23,35,8,-28,-15,5,-29,-5,-22,-20,12,-11,-2,-9,5,9,-20,-35,-12,2;
MA   /M: SY='S'; M=1,-7,-15,-11,-10,1,0,-15,-17,-15,-19,-14,1,-15,-12,-13,19,13,-9,-26,-9,-10;
MA   /M: SY='F'; M=-13,-32,-28,-38,-29,23,-31,-27,18,-27,10,5,-26,-27,-26,-23,-24,-13,11,21,12,-27;
MA   /M: SY='S'; M=4,-7,-17,-5,-2,-19,-7,-13,-16,-12,-22,-16,0,9,-4,-13,23,11,-12,-36,-20,-4;
MA   /M: M=-11,-9,-30,-5,-6,-12,-4,-16,-11,-17,0,-7,-12,-20,-12,-17,-16,-15,-13,-3,-8,-8;
MA   /M: SY='W'; M=-7,-13,-33,-13,3,-15,-17,-13,-24,9,-20,-15,-13,-16,0,11,-14,-15,-22,29,-1,2;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-21,-22,-20,-7,-1,-27,-17,8,-14,28,10,-22,-24,-12,-11,-22,-9,5,-22,-5,-10;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-28,-12,-30,-26,-2,-31,-26,25,-19,12,10,-24,-27,-22,-14,-15,-5,31,-26,-7,-26;
MA   /M: SY='D'; M=-14,11,-31,18,14,-24,-17,-7,-28,1,-22,-19,0,-12,6,-1,-5,-6,-25,-1,-9,10;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-14,-20,-14,-10,-3,-24,-15,4,-20,23,7,-16,-22,-9,-15,-13,0,0,-25,-5,-10;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-24,-22,-28,-20,10,-27,-15,18,-23,23,17,-20,-24,-16,-19,-17,-6,9,-16,6,-19;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-27,7,-32,-24,8,-30,-21,12,-28,25,14,-25,-30,-22,-22,-23,-10,8,-23,-3,-23;
MA   /M: SY='P'; M=-13,7,-35,20,14,-33,-17,-11,-28,-4,-29,-23,-4,46,-3,-14,-5,-10,-30,-33,-25,3;
MA   /M: SY='P'; M=-1,-10,-29,-6,9,-25,-19,-15,-16,3,-21,-13,-12,27,-3,-7,-5,-7,-15,-27,-21,1;
MA   /M: SY='H'; M=-6,-12,-26,-12,-3,-15,-8,5,-9,-12,-1,-1,-8,-18,-5,-7,-11,-13,-11,-23,-7,-6;
MA   /M: SY='W'; M=-5,-25,-27,-26,-17,1,-22,-23,-2,-12,-1,-3,-24,-10,-17,-14,-18,-11,-1,14,-1,-17;
MA   /M: SY='Y'; M=-11,-6,-25,-8,0,6,-9,-3,-14,-11,-9,-9,-3,-19,-8,-10,-5,-7,-16,-11,9,-4;
MA   /M: SY='M'; M=-10,-10,-23,-13,-8,1,-21,-7,-2,-5,-4,7,-8,-18,-6,-4,-6,-5,-4,-17,4,-8;
MA   /M: SY='Y'; M=-7,-20,-22,-22,-22,1,-9,-13,5,-18,1,1,-16,-24,-18,-17,-9,-2,7,-11,10,-22;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-15,-20,-13,-14,8,-24,-13,4,-21,18,4,-17,-25,-17,-16,-14,-6,3,-18,5,-16;
MA   /M: SY='A'; M=6,-9,-19,-12,-9,-12,-17,-12,-6,-14,2,-2,-11,-4,-10,-16,-3,5,-4,-25,-11,-10;
MA   /M: SY='D'; M=-5,13,-27,20,14,-30,-13,-4,-26,3,-21,-15,2,0,7,1,-1,-8,-22,-29,-18,9;
MA   /M: SY='W'; M=-14,-29,-31,-31,-22,5,-30,-19,12,-18,13,6,-24,-26,-15,-10,-26,-14,2,20,12,-20;
MA   /M: SY='R'; M=-19,-10,-33,-8,-6,-14,-19,-6,-23,11,-16,-6,-8,-21,1,32,-16,-14,-20,12,-2,-4;
MA   /M: SY='S'; M=-1,-8,-17,-9,-3,-9,-16,-10,-5,-11,-13,-9,-3,-14,-5,-12,14,11,-1,-25,-3,-5;
MA   /M: SY='E'; M=-8,-5,-25,-2,4,-19,-17,-1,-15,-2,-12,-3,-5,3,0,-4,-3,-5,-15,-29,-12,1;
MA   /M: SY='Y'; M=-6,-15,-24,-18,-9,1,-23,-9,-4,-2,-2,-1,-11,-19,-6,3,-10,-3,-5,-11,8,-9;
MA   /I: I=-2; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-10,-21,-13,-15,-19,14,-21,-17,-8,-17,-10,-6,-18,-15,-11,2,4,-5,-25,-18,-15;
MA   /M: SY='M'; M=-8,-11,-24,-16,-13,-9,-10,-9,2,-13,3,8,-5,-21,-4,-10,-9,-8,-5,-22,-6,-10;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-26,-20,-28,-20,6,-26,-22,13,-23,19,8,-24,-12,-21,-21,-17,-7,11,-20,-5,-21;
MA   /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='P'; M=-6,-4,-21,-4,-7,-11,6,-4,-15,-7,-16,-11,1,8,-7,-9,-3,-7,-17,-11,-4,-9; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='D'; M=-15,22,-28,31,5,-29,0,-6,-30,-4,-18,-19,9,-16,-5,-3,-5,-11,-24,-32,-18,-1;
MA   /M: SY='G'; M=-6,-17,-30,-16,-17,-12,20,-15,-21,-18,-15,-12,-12,-12,-16,-18,-8,-14,-21,1,-6,-17;
MA   /M: SY='R'; M=-10,6,-24,6,9,-21,-15,-5,-21,8,-16,-12,8,-14,3,13,1,-2,-18,-29,-14,5;
MA   /M: SY='M'; M=-8,-6,-20,-11,-6,-9,-20,-9,3,-7,4,9,-2,-20,-7,-8,-9,-4,1,-27,-9,-6;
MA   /M: SY='P'; M=-12,-9,-30,-7,-8,-18,-25,0,-2,-8,-11,-3,-9,4,-8,-12,-11,-10,-4,-28,-8,-11;
MA   /M: SY='K'; M=-11,4,-26,5,12,-28,-19,-4,-25,17,-21,-11,2,-11,17,17,0,2,-20,-25,-12,14;
MA   /M: SY='Y'; M=-14,-26,-29,-26,-21,11,-26,-8,4,-16,6,6,-26,-18,-15,-16,-23,-12,-2,23,28,-19;
MA   /M: SY='E'; M=-7,14,-25,14,28,-26,-9,-1,-27,8,-25,-19,16,-8,10,1,6,-4,-26,-32,-19,19;
MA   /M: SY='K'; M=-1,-15,-23,-15,-7,-16,-21,-18,-6,7,-6,-2,-15,-5,-8,-1,-11,-7,1,-23,-12,-8;
MA   /M: SY='G'; M=-6,-21,-26,-25,-25,1,14,-23,-4,-25,-2,-2,-13,-23,-24,-22,-11,-14,-3,-16,-9,-25;
MA   /M: SY='S'; M=4,-6,-15,-9,-7,-10,-10,-12,-6,-15,-2,-6,1,-18,-7,-13,11,6,-5,-32,-13,-7;
MA   /M: SY='S'; M=0,-3,-18,-4,1,-22,-10,-9,-20,-3,-24,-15,3,-1,6,1,20,14,-14,-32,-17,2;
MA   /M: SY='M'; M=-1,-11,-15,-16,-11,-9,-11,-5,2,-10,-3,24,-6,-15,0,-10,7,4,1,-29,-9,-5;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='N'; M=-10,15,-22,3,-5,-17,-12,11,-7,-6,-17,-8,28,-20,1,-5,1,-4,-13,-33,-11,-3;
MA   /M: SY='G'; M=5,-11,-29,-11,-16,-29,50,-20,-34,-17,-28,-19,-4,-5,-17,-20,0,-16,-26,-21,-29,-17;
MA   /M: SY='F'; M=-8,-22,-20,-30,-22,41,-24,-13,2,-22,2,-2,-15,-24,-25,-18,-9,-5,0,1,23,-22;
MA   /M: SY='T'; M=-1,-6,-12,-15,-14,-8,-23,-22,0,-13,-5,-5,-5,-13,-13,-13,13,39,9,-29,-9,-14;
MA   /M: SY='F'; M=-12,-6,-20,-7,-12,30,-18,-13,-13,-19,-8,-11,-4,-21,-22,-15,-1,-2,-9,-13,7,-14;
MA   /M: SY='E'; M=-11,2,-27,10,29,-18,-22,-7,-15,-4,2,-8,-7,-11,4,-8,-10,-10,-17,-28,-13,17;
MA   /M: SY='L'; M=-12,-28,-19,-33,-23,25,-28,-17,16,-25,30,22,-25,-28,-22,-18,-24,-9,11,-13,7,-21;
MA   /M: SY='E'; M=1,-3,-27,-1,14,-27,13,-8,-25,-4,-18,-10,-3,-11,4,-9,-1,-12,-23,-24,-21,9;
MA   /M: SY='S'; M=3,0,-15,-2,1,-21,-9,-12,-21,5,-26,-16,6,-10,1,0,24,18,-11,-33,-16,1;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-28,-20,-31,-23,6,-30,-19,25,-25,36,26,-27,-27,-18,-20,-25,-9,17,-21,-1,-21;
MA   /M: SY='I'; M=-13,-29,-29,-33,-23,2,-32,-23,22,-21,19,11,-23,-24,-16,-13,-24,-12,10,1,2,-22;
MA   /M: SY='F'; M=-13,-21,-23,-27,-20,26,-14,-12,-3,-13,5,10,-16,-24,-19,-11,-17,-11,-4,-5,12,-18;
MA   /M: SY='A'; M=17,-20,-18,-25,-18,-8,-13,-23,-1,-16,-4,-5,-19,-20,-16,-19,-4,-4,6,4,-7,-16;
MA   /M: SY='A'; M=25,-14,-18,-21,-12,-17,-11,-21,1,-14,-8,-6,-10,-2,-11,-21,6,0,2,-24,-17,-13;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-12,-9,-15,-13,-4,-27,-17,4,-19,8,3,-13,-22,-9,-17,-12,-4,0,-24,-5,-12;
MA   /M: SY='A'; M=8,-15,-21,-19,-16,-4,-7,-13,-10,-13,-11,-9,-14,-19,-13,-16,-1,0,-6,8,8,-15;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-8,-21,-10,-6,-14,-19,-1,-14,6,-11,-6,-2,-19,-2,19,-2,1,-6,-27,-8,-6;
MA   /M: SY='S'; M=7,-13,-17,-17,-14,-7,-16,-14,4,-15,-8,-4,-8,-17,-10,-17,10,6,6,-22,-2,-14;
MA   /M: SY='M'; M=-7,-19,-20,-24,-19,0,-13,-15,5,-10,5,17,-16,-21,-13,-11,-12,-5,7,-20,-5,-16;
MA   /M: SY='C'; M=-11,-9,5,-12,-7,-9,-24,-10,-12,-12,-4,0,-10,-22,3,-11,-9,-5,-11,-25,-8,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-9,-25,-5,3,-11,-23,-11,0,-13,9,6,-13,-7,-5,-14,-13,-9,-6,-26,-10,-2;
MA   /I: I=-2; MI=-9; MD=-9; IM=-9;
MA   /M: SY='D'; M=-9,-3,-21,1,-5,-13,-20,-1,-2,-11,-1,-1,-7,-19,-3,-10,-8,-6,0,-24,-3,-5; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-9; MD=-9; IM=-9; DM=-9;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-19,-19,-22,-16,6,-23,9,7,-19,20,18,-17,-23,-11,-12,-19,-10,3,-19,6,-14; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-9; MD=-9; IM=-9; DM=-9;
MA   /M: SY='G'; M=-3,1,-23,0,-8,-23,28,-14,-28,-10,-22,-16,4,-14,-11,-10,4,-1,-21,-23,-21,-10; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-9; MD=-9; IM=-9; DM=-9;
MA   /M: SY='A'; M=11,-12,-16,-17,-14,-5,-7,-12,0,-14,2,-2,-9,-19,-13,-16,-5,-5,1,-15,-2,-14; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-9; MD=-9; IM=-9; DM=-9;
MA   /M: SY='P'; M=-9,3,-26,7,0,-22,-17,-11,-13,-4,-16,-12,-2,9,-3,-4,-3,-1,-13,-26,-15,-4; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-9; MD=-9; IM=-9; DM=-9;
MA   /M: SY='H'; M=-9,-7,-25,-6,-1,-20,-3,12,-20,-4,-17,-8,-3,-8,2,2,-3,-10,-15,-24,-9,-2; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-9; MD=-9; IM=-9; DM=-9;
MA   /M: SY='L'; M=-3,-14,-2,-15,-13,0,-16,-10,1,-14,4,0,-12,-19,-11,-12,-3,0,4,-16,3,-13; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
MA   /M: SY='T'; M=1,-2,-19,-3,-4,-17,-5,-14,-16,-8,-9,-10,-3,-15,-7,-5,4,8,-10,-27,-15,-6;
MA   /M: SY='M'; M=-8,-20,8,-25,-18,-12,-28,-17,8,-17,4,10,-19,-25,-5,-16,-13,-8,9,-28,-11,-12;
MA   /M: SY='M'; M=-2,-12,-23,-17,-12,-16,-6,-14,-3,-10,-7,3,-7,-16,-1,-7,-1,-1,-4,-23,-12,-8;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-6,-17,-14,-16,-9,-19,-16,12,-15,-6,-1,3,-21,-14,-15,3,2,13,-32,-12,-16;
MA   /M: SY='Y'; M=-17,-7,-29,-10,-9,5,-23,10,-12,9,-12,-6,-4,-23,-2,10,-13,-9,-16,5,38,-9;
MA   /M: SY='G'; M=2,-8,-26,-8,-16,-28,56,-18,-36,-18,-30,-20,2,-18,-16,-18,8,-12,-26,-24,-28,-16;
MA   /M: SY='D'; M=-20,50,-30,70,20,-40,-10,0,-40,0,-30,-30,20,-10,0,-10,0,-10,-30,-40,-20,10;
MA   /M: SY='D'; M=-20,50,-30,70,20,-40,-10,0,-40,0,-30,-30,20,-10,0,-10,0,-10,-30,-40,-20,10;
MA   /M: SY='I'; M=5,-17,-21,-24,-12,-9,-26,-23,18,-18,4,4,-14,-15,-13,-21,-5,1,15,-23,-9,-15;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-29,-28,-38,-28,1,-36,-25,43,-27,23,25,-21,-21,-17,-26,-21,-10,25,-20,0,-26;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-28,-10,-29,-23,-2,-30,-25,19,-25,17,9,-26,-14,-22,-22,-18,-7,18,-27,-9,-24;
MA   /M: SY='P'; M=-8,-13,-32,-8,-8,-20,0,-18,-21,-9,-18,-15,-12,13,-11,-14,-9,-12,-22,-6,-15,-10;
MA   /M: SY='W'; M=6,-15,-21,-18,-10,0,-13,-19,-13,-13,-14,-13,-12,-17,-12,-15,2,2,-8,12,-2,-9;
MA   /M: SY='K'; M=-3,2,-6,2,11,-25,-18,-11,-26,12,-21,-15,-2,-12,2,5,-1,-3,-17,-29,-17,6;
MA   /M: SY='A'; M=5,-12,-7,-16,-9,-19,-18,-15,-7,-2,-12,-5,-9,-18,-2,-2,1,-3,1,-27,-14,-6;
MA   /M: SY='A'; M=11,-10,-10,-12,-5,-22,2,-17,-19,-3,-17,-12,-8,-16,-9,-8,-1,-8,-8,-25,-20,-7;
MA   /M: SY='P'; M=-11,5,-31,14,10,-29,-15,-8,-28,3,-26,-20,-1,21,0,5,-2,-7,-25,-31,-21,2;
MA   /M: SY='D'; M=0,-1,-22,3,-2,-19,-14,-13,-14,-8,-10,-11,-5,1,-7,-9,0,-1,-11,-30,-16,-6;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-22,-21,-23,-14,9,-26,-11,7,-20,20,8,-20,-25,-9,-14,-15,-6,3,-14,8,-12;
MA   /M: SY='M'; M=-4,-19,-22,-23,-14,-8,-24,-15,7,-3,7,13,-16,-21,-8,2,-14,-8,8,-21,-6,-13;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=40,10160;
NR   /TOTAL=6(6); /POSITIVE=6(6); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=2;
CC   /TAXO-RANGE=?B???;
CC   /STATUS=submitted;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=window20;
CC   /GENERATED_BY="pfmake blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=S_Spirin;
DR   P15965, RRPO_BPFR , T; P07393, RRPO_BPGA , T; P00585, RRPO_BPMS2, T;
DR   P14647, RRPO_BPQBE, T; P09675, RRPO_BPSP , T; P11124, VP2_BPPH6 , T;
DR   P09674, RRPO_BPBZ1, P; P34701, RRPO_BPJP3, P;
3D   1HHS; 1HHT; 1HI0; 1HI1; 1HI8;
DO   QDOC50520;
CC   Alignment not available
//